تكمن أولى إشكاليات الإدارة المحلية فى مصرالطريقة التى يقوم عليها نظام الإدارة المحلية ذاته فهو امتداد لإرث وتقاليد الدولة المركزية.
وأهم القضايا التى تمثل إشكاليات أمام الإدارة المحلية وتعوقها عن القيام بدورها فى تقديم وتحسين الخدمات المحلية والمتابعة والرقابة على المشروعات المحلية هي تعدد الوحدات المحلية فتوجد فى مصر خمس وحدات محلية هى المحافظات والمراكز والمدن والأحياء والوحدات المحلية القروية.
بالإضافة إلى نظام المجلسين، فتعمل مصر بما يسمى بالنظام المتوازى فى هيكلة المؤسسات المحلية أو ما يعرف بنظام المجلسين، حيث يوجد بكل وحدة إدارية مجلسان أحدهما معين والآخر منتخب، والمجلس المعين هو المجلس التنفيذى والذى يتولى إدارة العمليات اليومية للوحدة الإدارية.
أما المجلس المنتخب فيتحمل مسئوليات إقرار خطة التنمية المحلية والرقابة على مختلف المرافق والأعمال المحلية، وذلك بما لا يخالف السياسات العامة للدولة، وعدم تحديد الدور والفصل ما بين المجلسين فعلى الرغم من أن النظام المحلى يأخذ بنظام المجلسين إلا أن الأمر فى الواقع العملى لا يتفق مع هذا التوصيف حيث عانت العلاقة بين المجلسين من العديد من التباينات نتيجة عدم توضيح أدوار كل منهما على نحو يحقق مصلحة وخدمة المواطنين.
بالإضافة إلى تعدد الأجهزة الإدارية فى الوحدات المحلية ما بين الإدارة العامة والإدارة المحلية وبالتالى تعدد الفاعلين والتى تشمل على قيادة تنفيذية معينَة من طرف السلطة المركزية : المحافظ ورئيس المركز ورئيس المدينة ورئيس القرية ومجلس تنفيذى يرأسه رئيس الوحدة الإدارية المعنية ومجلس محلى منتخب مباشرة, وفروع الوزارات القطاعية وهى التى نقلت اختصاصاتها للإدارة المحلية ، وفروع الوزارات المركزية أو الوزارات التى لم تنقل اختصاصاتها للإدارة المحلية، وفروع الهيئات المركزية والشركات القابضة وكذلك الأقاليم الاقتصادية.
كما توجد مشكلات الموارد البشرية حيث تواجه الإدارة المحلية عدة مظاهر فى هذا الصدد منها التبعية المزدوجة لمديريات الخدمات وأيضا ضعف الاهتمام بالتدريب المحلى ويجب استدراك ذلك مع تشكيل مجالس محلية مقبلة خاصة مع الزيادة غير المسبوقة المتوقعة فى أعداد الأعضاء الجدد، وضعف دور المجتمع المدنى،
تشير الاتجاهات الدولية التى تعنى بالتنمية المحلية إلى أهمية الدور الذى يمكن أن يلعبه المجتمع المدنى فى زيادة المشاركة المحلية وتحسين الخدمات المحلية.
والتأخير في اصدار تشريع جديد للإدارة المحلية وتأخرالانتخابات المحلية وتفعيل ما جاء فى الدستور حول تمثيل فئات المجتمع وما عمل عليه من تحقيق التمثيل السياسى المحلى للشباب والمرأة والمسيحيين والأشخاص ذوى الهمم وهذا يتطلب صياغة قانون للإدارة المحلية يراعى النسب المذكورة والتمثيل العادل.